金门虽然地处安平和厦门之间，但是距离安平也有12海里，使用帆船机动的话，海上航渡时间过长，还要受港湾内水文条件的影响。难以达到突然袭击的效果。平均航速8节的机动运输艇在这方面显然有很大优势。
“航渡时间实在太长了，敌人如果反应及时，完全可以从陆地上进行救援。”明秋在研究作战计划的时候很明确的表示担忧，他虽然没有执行过两栖作战的经验，但是知道此类战斗一般都是速战速决。但是帆船为主的舰队显然做不到这点。加上金门和厦门都是很大的岛屿，在岛上部队进攻和搜索都要相当的时间，按照作战计划还要有系统的对当地进行破坏和虏走人口，前后可能需要三四天时间才能完成战役决心。
如果郑家的中枢没有在第一时间被打垮失去反应，那么郑芝龙完全可能在第二天就从晋江等地调来增援部队。郑芝龙的军队是私军，不像官兵那么疲敝，一天只走十几里路，很可能半天左右就能抵达安平反扑。
情报局和大图书馆根据历史资料上郑芝龙曾经多次在陆地用兵的记录，认为这一时期他的陆军机动部队在二千人左右。加上能够动员起来的留守人马，做多能向安平派出三千人。
“我们没必要为郑芝龙的反应速度担心。”东门吹雨信心满满，“郑家的陆军，不管是郑芝龙时代还是国姓爷时代，面对稍有战斗力的对手表现都堪称稀烂，不管作战能力还是战斗意志都成问题。根据兵棋演习，派出一个配备机枪和轻型火炮的步兵连即可将援军击溃。”他举了一个例子，清军马得功部偷袭厦门，几十骑清军斥候登陆就造成厦门全岛防御崩溃。马得功在即少海军支持，总兵力也不占优的情况下轻松的夺取了厦门这一郑家的核心基地。
“这么说来郑芝龙部下的战斗力竟然这么不堪？”
“情报局的看法是，即使按照17世纪的标准，郑芝龙的军队――不管是海军还是陆军――都不是强旅。”东门吹雨很有把握的说道，“以我们调动的部队规模，足以完成所有的战役任务。”
从此时开始，左营的基地提升到最高警戒水平，取消所有休假和外出。
9月27日凌晨五点，明秋接到了从临高海军部发来的电报：“开始行动。”明秋在基地召见第一舰队所有舰长，下令：“元老院已经决定向郑芝龙开战，本舰队将马上前往金门打击郑芝龙的舰队，并掩护陆军部队在金厦地区登陆。”说完之后，他向各中队指挥官和舰长下达了命令任务书。
第一舰队的主力是1艘立春号巡洋舰和4艘混合动力一等炮舰，另有五个中队的风帆特务艇。战舰总吨位超过8000吨，载有各种口径火炮200门。混合动力战舰上全部装备了线膛炮。尽管比例不高，但是射程和威力都是特务艇上的滑膛炮所难以企及的。
由于此次作战距离有限，因而随行船只不带运煤船。陆军、海兵队、后勤分队和补给物资由第二输运船团的35艘大型杂式运输船承担运输――h800由于吃水比较大，不适合在未经过港口建设的港口内