早在“地球特殊灾害应对委员会”，简称“地灾会”的原最高负责人，碇源堂司令勾结异次元侵略者“破界王”，后利用自己的亲生儿子碇真嗣以及地灾会的王牌机甲，拥有“屠神之力”的eva初号机，引发第三次冲击毁灭地球的时候，早半步察觉到这场大灾变的螺旋王就已经与一直交战当中的大红莲团还有大天使号这两支正义势力和解并结成联盟，在他们的协助之下从“地球监视者”反螺旋族手中夺回被改造成整颗月球的超弩级大红莲战舰，作为人类最后的堡垒要塞。
同样的，由于在螺旋王的身边汇集了包括基拉？大和，阿姆罗？利，刹那？f？清音，卡米那，西蒙，兜甲儿，流龙马这样拥有位面之子身份的王牌ace，还有他们的英雄级爱机，再加上超弩级大红莲号上本身就库存了大量巨人级颜面机甲，首批拯救的难民中也是人才济济，可以组成一支战力庞大的机甲兵团，此时的超弩级大红莲就是对上神族的黄金舰队也有一拼之力。人类的力量其实并不弱小......
然而破界之王与碇源堂却更加的可怕，战斗力强大之极的次元兽暂且不提，破界王本身就是足以毁灭整支神族黄金舰队的无敌魔神，此位面的终极剧情boss。正义一方以防御力著称的古代机甲“勇者莱丁”，还有来自外星球的守护神“六神合体雷霆王”都是被他一招秒杀。战力在超级机器人当中排行前三甲的盖塔机器人也被其轻松击败，险些机毁人亡。
至于从没有任何人能够看透的碇源堂竟是掌握了量产灭世天使……“使徒”的技术，手下还有渚薰，凌波零这样的王牌ace效力，再加上违反常理，处处透着一股诡异的eva六号机，九号机，量产机......破界之王和碇源堂在与螺旋王阵营的几番大战中全都大获全胜，将超弩级大红莲彻底赶出了地球......
这是利用小型隐形登陆舰暗中接运一批人类，前往躲藏于木星星域维修当中的超弩级大红莲号的秘密救援行动，本次的运送可能将会是最后一次，资源有限，人类的处境也处于劣势，已经实在沒有能力再支撑下一次了，不过在地球上仍然生存的人类恐怕也已经没有了……暗黑大陆也许除外。只是那里别说是人类了，就连次元兽和量产型使徒都无法进入，完全就是一片无人知晓的黑域，也是此时这颗红色地球上唯一的一片“黑色”。
虽然存在可能，但是大红莲号自顾尚且不暇，自然没有力量对“暗黑大陆”进行探索。而且更糟糕的是，小型登陆舰在着陆的时候竟然出了点状况，为保证最佳的隐身效果，关闭所有探测器的小型登陆舰与喜马拉雅山擦身而过，虽然只是与山尖轻微的撞击，但却令螺旋力隐形系统故障关闭了一瞬间，想必这次再想偷偷搭载难民成功离开已经是不可能的了，精明的破界王和狡猾的碇源堂肯定已经发现了他们。
这真是糟糕无比的开始。
“快，快，动作再快一点。”地灾会现任总负责人葛城美里正在焦急地指挥着底下的成员将搜救回来的幸存人类运送上登陆舰，她也感觉到破界王和