9月20曰，最高首长发布了，向台湾进军的命令：
粤闽前线指挥部全体指战员同志们：
台湾国民党当局无理的拒绝中国***]提出的和平解决台湾问题的十条方针。国民党匪徒在匪首蒋介石的命令下，置民族利益和人民利益而不顾，悍然发动“雷霆行动”，给我粤闽浙地区的人民生命财产造成重大破坏，企图阻止中国人民解放事业和社会主义建设，阻止用和平方法解决台湾问题。这充分的表示国民党反动派不甘心自己的失败，妄想夺回他们失去的天堂，重新骑在人民头上作威作福，使广大劳动人民受二遍苦，遭二茬罪。同时也表明了蒋介石集团，决心将他们反革命战争打到底。在此种情况下，我们命令你们：
（一）向台湾奋勇前进，坚决、彻底、干净、全部地歼灭台湾岛内一切敢于抵抗的国民党反动派，解放台湾人民，保卫中国领土主权的读力和完整。
（二）逮捕一切怙恶不悛的战争罪犯。不管他们逃至何处，均须缉拿归案，依法惩办。特别注意缉拿匪首蒋介石。
（三）对于任何愿停止战争、用和平方法解决问题者，如能认清形势，翻然悔过，确实有事实表现能够推进台湾解放和新中国建设的，你们即可参照1949年4月15曰中国***]和平协议最后修正案的原则和他们签订协定。
9月20曰，粤闽前指在收到中央最高首长发布的向台湾进军的命令后，随即开始执行“解放台湾作战行动计划”
对台北进行了首轮空袭。这次空袭和上次对台湾机场的空袭不同。规模并不大，只是一架j10和一架jh7飞豹战机，对台北的明阳山草上蒋介石的行宫，进行了一次突击轰炸。彻底的摧毁了草山行宫，而且在进行这次空袭之后没有再对台湾实施新的进攻行动。
“解放台湾作战行动计划”是基地作战部，根据后世的现代战争国内外经验，结合当前的人员，武器装备情况制定的周密军事行动计划，并通过的型计算机模拟演习的方式对该项军事计划进行检验。是在邓峰去年12月参加各大军区和各大军种主要负责同志会时，向军委提交的。经过总参的多次论证，最后得到了最高首长的批准。但当时没有考虑孙立人起义的因素。只所以停了了下来，就是再等孙立人起义的行动。
蒋介石是个读才者，在台湾绝对是大权独揽。这次的“斩首行动”是否成功，对后面的军事行动会产生极大的影响。蒋介石是否死亡对后面采取什么样的后续军事行动是具有决定姓意义的。如果蒋介石及国民党主要成员被袭身亡，台湾陷入群龙无首，孙立人以趁乱夺去取军权或取得部分军权，那样就可以不用战争手段或不完全用战争手段解决台湾问题。这种情况就能免除或减少双方的伤亡，对台湾的破坏也会减少到最小程度。从而使我军达到迅速占领整个台湾的目的。即使斩首行动不能完全成功，也可能导致台湾出现混乱。从而使我军趁乱登陆解放台湾。
从解放军夺取澎湖列岛以后，粤闽前线指挥部就一直在密切监督蒋介