为了解决指挥机构臃肿效率不高的问题，这一次作战中，陈敬云尝试了新一轮的指挥方式调整，以前发生大战的时候都是陈敬云亲自坐镇司令部，用司令部当做大本营直接指挥各师作战。苏南战事结束后，陈敬云深感直接用司令部指挥各师作战已经越来越不适应规模越来越大的国民军了。所以才弄了军一级别的指挥机构，设置了四个军，然后这一个尝试却是没有取得很好的效果。因为虽然设置了军一级别的指挥部，但是国民军的部队一共才十二个师又三个旅的部队，师旅级别部队的调动已经不是战术层面的事情，而是战略层面的事了，到目前为止，师级别的调动依旧是国民军的总司令部才有权调动，搞的现在的军级别指挥机构更像是摆设。
比如第三军，所辖的第三师和第十师都已经分离了，第十师已经受命进攻江西。如果说参谋部通过第三军来指挥第十师的话，那么就指挥就会太过拖延。而第四军所辖的第九师和第八师也已经分离，第九师现在已经到了苏南地区，目前正在进攻皖南，而第八师还呆在福州地区呢。
所以这样一来，第三军和第四军就已经成为了空架子。另外，苏南地区当中由于第一军和第二军共同负责苏南地区的防务，苏南那么大点的地方集中了那么多的部队，偏偏还互不统属，这样就造成了一些指挥上的麻烦，毕竟现在参谋部指挥苏南两个军作战和当初直接指挥五个师作战没有太大的区别。
另外还有一个很严重的问题，那就是第一军和第二军共同负责苏南防御，也就造成了诸多麻烦事，两支部队中的高级将领闹的矛盾重重，虽然两个军长没表态，但是下面的几个师长已经把报道打到陈敬云这里来了。这种互不统属的状态在苏南地区那么严峻的状态下是非常不利的，一场大规模的战争必须有一个统一的指挥机构，这也是为什么北洋军始终在津浦线只设立一个军的根本原因所在，哪怕现在津浦线上已经集中了北洋军五六万人，但是依旧全部归属冯国璋一人指挥。袁世凯不是不知道这样的状态下会让冯国璋的权势越来越大，越来越难制衡，但是这也是没办法的事情。
相比之下，陈敬云为了制衡手下将领故意弄的互不统属就落了下乘，这时间越来问题就越大。导致设立军级别指挥机构也差不多半年了，但是国民军的指挥体系并没有变的太有效率，反而是机构臃肿以致指挥效率降低了不少，甚至还不如当初司令部直接指挥各师呢。
为了摆脱这种尴尬状态，陈敬云做出了必要的调整，原本直属司令部指挥的第五师调入第二军，使得第二军拥有了三个师的编制。而已经调到皖南，负责皖南战事的第九师则是脱离第四军编制，直接归属总司令部指挥。而已经离开广东进攻江西南部的第十师也脱离第三军，直接归属总司令部指挥，将第一混成旅划入第三军编制。
这只是初步的调整尝试，为了避免编制变化过大引起那些高级将领的疑虑，同时为了编制变化而影响国民军的战斗力，下一步里陈敬云还会做出更大的调整，他是打算着等把皖南拿下后，到时候可能会继续