要组建南方临时政府用以对抗北洋，最主要的工作就是组建一支统一指挥的南方联军，剩下的民政事务这些都是次要的，实际上这也是无法完全南方诸省的实际民政事务统一，现在不管是陆荣廷还是唐继尧断然是不会把地盘交出来接受中央派遣的官员进驻，顶多就是接任中央的对他们都任命而已，这一点不管是军事还是民政上都是如此。
所以某种程度上来说，这三家军阀的联合只是名义上承认陈敬云的中央领导权，然后实际上采用联盟的方式形成一个统一的南方政府，组建南方联军用以对北洋作战。
实际上这些相关事务早在陈敬云拉拢唐继尧和陆荣廷的时候就已经进行了多次谈判，并且已经在陈敬云在南京重立国会之前就已经取得了谈判结果，重新南京国会以及后续陈敬云就职临时政府大元帅不过是过场而已。
根据陈敬云和唐继尧，陆荣廷三人之前达成的协议，组建南方中华民国临时政府后，以南京为首都，以陈敬云为最高统帅，至于陈敬云要当总统还是什么执政又或者是总理都是他陈敬云自己的事，唐继尧和陆荣廷没什么心思去管，毕竟那只是一个名称不同而已，谁敢说陈敬云当大元帅就不是南方联军的最高领导人了。
除了承认陈敬云为南方联军最高统帅外，剩下最主要的就是军队事务的整编安排了，南方临时政府要和北洋在全国范围内全面对抗，没有一支统一指挥的联军是不行的，虽然主力还是得靠国民军，但是也不能缺少桂军和滇军的加入。
而根据陈敬云和唐继尧、陆荣廷达成的协议，组建中央陆军后，将会仿效国民军现有的方式设置多个军，在军下辖数个师，负责一个战线的战事。由于桂军和滇军的数量相差有些大，所以编成的时候桂军会得到一个军的编制，滇军会得到两个军的编制，两者的下属主力野战部队都会加入到这三个军来，剩下的部分地方部队将交由各省新设立的守备司令部管辖。而且滇军和桂军也不需要去改变现有的编制，将会保持现有编制不必和国民军一样全部编成三团制部队。
除了编制外，临时政府还需要承担一部分的滇军和桂军的后勤补给，主要是弹药和其他军事物资方面，并且陈敬云还答应在三个月内给他们陆续提供相当数量的步枪，少量火炮。
这些相关谈判持续了整个六月，并且在陈敬云就职大元帅之前就已经确定了下来，所以陈敬云一就职大元帅后，立即下令整编南方各省军队，组建中央陆军。
原国民军按照原有四个军的编制以及各师旅番号，依次改编为中央陆军第一军、第二军、第三军、第四军。各师旅的番号也将前面的国民军三个字去掉，换成中央陆军，依次为中央陆军第一师、中央陆军第二师、中央陆军第三师中央陆军第十一师；中央陆军第一混成旅、中央陆军第二混成旅中央陆军第五混成旅，一共十一个师，五个混成旅。警卫师暂不列入中央陆军行列，而改为统帅部直属，正式番号为统帅部警卫师。
说起来也有意思，那就是这南方联军的正式番号是和北洋军的