和南方诸多起义省份一样，湖北方面也是有着巨大的内部矛盾，而且这个矛盾几乎是不可调和的。武昌起义时，当时的共进会成员带领着新军士兵发动起义后，为了拉拢湖北境内的新军士兵，同时为了保证起义能够持续下去，所以当时并没有选择没有什么名望的革命党人当都督，而是用枪逼着黎元洪这个新军高级将领当了都督。
起先黎元洪自然是不愿意当这个造反都督的，革命党人纵然逼着他当了湖北军政府都督，但是他是置身事外，什么事情都不管，但是后来随着形势慢慢变化，共和大局慢慢确定下来后，他的心思也就起了变化，开始积极参与湖北军政府的事务，后来的南北和谈中更是积极发声，一举把自己塑造成为革命先锋，而凭着这个政治资本他成功的当选了副总统。
而在湖北内部，他也是开始整合属于自己的力量，为了能够掌控军权，南北和谈后他把湖北在辛亥革命时期编练的八个参差不齐的镇重新整编，美曰其名是响应中央政府的裁军主张，把八个镇缩编为五个镇，过了几个月后湖北效仿其他省份以及北洋军进行镇改师，黎元洪又将五个镇重新整合，最后编成了三个满编师，基本上是把原来胡乱招的老弱都给剔除了出去不说，还把一些大批革命党军官给压制了下来，提拔了大批效忠于他的军官。
这一个过程历尽了民国元年的大半年时间，黎元洪虽然做的巧妙并没有太多公开的反对革命党的行为，但是这个过程中依旧和革命党人发生了激烈的矛盾，尤其是张振武和方维更是对黎元洪不满，多次扬言要把黎元洪赶出湖北军政府，以便还湖北军政府一个彻底的革命环境。
这样的情况下，双方的矛盾慢慢加剧，月份的时候黎元洪曾经和袁世凯小小的密谋了下，准备让这两人北上，然后借袁世凯的手来杀掉他们。但是这两人并没有乖乖北上，所以让这一计划并未成型，而这两个月来革命党人在这两人的带动下已经多次公开和黎元洪发生对抗，而且孙文和黄兴等人也多次公开发表言论支持张振武和方维。
黎元洪最后实在不打算忍下去了，通过一番准备后动用宪兵和警察抓捕了大批的革命党人，其中抓捕张振武和方维的时候，由于这两人反抗而被直接击毙。事实上，这就是黎元洪的一次清洗行为，抓捕的不但有这两人，还包括了大批的革命党人，本来清洗这种事如果做的隐秘些的话即便被人骂几句只要能够控制局势的话也没什么，但偏偏黎元洪没控制住局势，这事让报界给捅了出去，闹的沸沸扬扬之际，湖北的革命党人自然不甘心坐等被抓，要知道他们手中也是掌控了不少军队的，所以一声高呼之下，湖北陆军三个师当中都有部队参与了兵乱，直接杀进了黎元洪的都督府，迫使黎元洪逃离。
紧接着，黎元洪就是指挥着效忠于自己的部队开始镇压革命党的人部队，这一场兵乱在国内引起了很大的轰动效果，甚至有那么两天里报纸上天天说着湖北的事情，有些支持革命党人的报纸甚至声称这二次革命，反而是把苏南地区的国民军于北洋军之间的战事给忽略了。不过也